Esta controversia surge del siguiente dilema: los alimentos transgénicos pueden permitir aumentar la productividad y el valor nutritivo de estos productos, lo cual ayudará a la reducción del hambre en el mundo y al incremento de la seguridad alimentaria en los países desarrollados. Sin embargo, se temen los hipotéticos riesgos a largo plazo que pueda tener su utilización masiva para la salud humana y el medio ambiente. Las consecuencias sobre la biodiversidad también son motivo de discusión, por ejemplo el mejoramiento genético pesquero se puede ver beneficiado, en términos de mayor productividad gracias a la modificación genética, pero no se sabe como interaccionarán las reservas de peces naturales y los nuevos individuos modificados.
Dado que los animales transgénicos no se están empleando todavía en la alimentación humana, la controversia sobre los alimentos transgénicos se restringe por el momento a los cultivos genéticamente modificados.
El cultivo de vegetales que contienen genes de resistencia a plagas permite reducir la cantidad de sustancias químicas necesarias para proteger los cultivos. De este modo se asegura una mayor productividad y además se reduce la contaminación por pesticidas del medio ambiente. Las dudas acerca de su utilización se relacionan especialmente con el desconocimiento de las consecuencias que pueden tener sobre otras especies vegetales, y sobre poblaciones del ecosistema.
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